Premetto che non sono un veterinario, i consigli che ti posso dare si basano su letture ed esperienze personali. Viene da se che la cosa migliore da fare sarebbe portare comunque ad un veterinario specializzato il tuo animale.
Potrebbe effettivamente essere Pox Virus, si manifesta effettivamente con escoriazione delle aprti di pelle scoperte (cere in generale) e porta alla disquamazione delle zampe del rapace.
E' patologia abbastanza lieve e poco pericolosa, sempre si riassorbe aiutata dal sistema immunitario del rapace.
L'unico trattamento consigliato è la rimozione delle crosticine e cauterizzate con matita emostatica al nitrato d'argento (ci sono anche spray con lo stesso principio se non erro), la rimozione puo richiedere diverse "sedute".
Le zone andrebbero poi trattate con pomata antibiotica locale e va evitato il contatto con mosche e zanzare, magari tenendo il falco il luogo "sicuro".
Ripeto che se hai possibilità sarebbe bene portare il falco da qualche veterinario esperto in uccelli.
p.s. ad oggi non è stato sviluppato nessun vaccino secifico per i rapaci.